Il secondo Asse prioritario del FEP, rivolto alle micro, piccole e medie imprese, mira alla diversificazione e all'aumento della produzione interna, il miglioramento della qualità dei prodotti in termini ambientali, di sicurezza alimentare e commerciale, anche attraverso l'applicazione delle procedure per la certificazione ambientale, la promozione di nuovi sbocchi di mercato, il consolidamento e lo sviluppo delle micro e piccole imprese.
L'Asse 2, per il raggiungimento di questi obiettivi, si articola in tre misure: