Il vaccino non deve essere somministrato a persone che abbiano manifestato reazioni di tipo anafilattico alle proteine dell'uovo o ad altri componenti del vaccino.
Il vaccino non dovrebbe essere somministrato a lattanti al di sotto dei sei mesi, per l'elevata incidenza di reazioni febbrili in questo gruppo di età.
Una malattia acuta di media o grave entità, con o senza febbre, costituisce una controindicazione temporanea alla vaccinazione che va rimandata a guarigione avvenuta.
I soggetti che vengono trattati per lungo tempo con farmaci che riducono significativamente la risposta immunitaria (cortisonici ad esempio) devono, ove possibile, vaccinarsi almeno un mese dopo la sospensione della terapia.
Il medico deve attentamente valutare l'opportunità di vaccinare pazienti affetti da malattie autoimmuni.
Reazioni allergiche importanti o manifestazioni neurologiche conseguenti a precedenti somministrazioni di vaccino antinfluenzale ne controindicano una successiva somministrazione.
Precedenti effetti indesiderati in sede di iniezione, non costituiscono controindicazione alla ulteriore vaccinazione.
La gravidanza non controindica la vaccinazione, tuttavia questa può essere praticata, per maggior sicurezza, dall'inizio del secondo trimestre di gravidanza.
Le donne che allattano possono essere vaccinate. 

La vaccinazione deve essere rinviata in caso di malattia febbrile in atto. Persone con alterazioni dell'immunocompetenza per effetto di trattamenti immunosoppressori possono rispondere in maniera non ottimale alla vaccinazione antinfluenzale, per cui sarebbe opportuno differire la vaccinazione di almeno un mese dall'interruzione del trattamento. Nei soggetti con malattie autoimmuni il vaccino va somministrato solo dopo attenta valutazione del rapporto rischio beneficio.

I vaccini antinfluenzali sono inattivati per cui non possono essere responsabili di infezioni da virus influenzali.
Gli effetti collaterali riferiti più frequentemente consistono in reazioni locali: dolore, arrossamento e tumefazione nel sito di inoculo.
Altre reazioni indesiderate sono rappresentate da febbre, dolori articolari e muscolari con esordio da 6 a 12 ore dalla somministrazione della vaccinazione e della durata di 1-2 giorni.
Sono segnalate anche reazioni di tipo ipersensibilità immediata (orticaria, angioedema, asma).
Sono stati riferiti anche altri rari eventi avversi come nevralgie, formicolii agli arti, disordini neurologici.

La tollerabilità dei vaccini utilizzati è stata molto elevata.