Il Dipartimento Pesca è stato istituito presso l'Assessorato della Cooperazione, del Commercio, dell'Artigianato e della Pesca con la L.R. del 07.08.1990 n. 25 art. 13 (Direzione Regionale della Pesca).
Successivamente, con Legge Regionale 16 dicembre 2008 n. 19 il Dipartimento transita all'Assessorato delle Risorse Agricole e Alimentari ed assume la denominazione di "Dipartimento degli Interventi per la Pesca".
Infine, con Legge Regionale 15 maggio 2013 n. 9, ha assunto l'attuale denominazione di "Dipartimento Regionale della Pesca Mediterranea".
Le competenze attribuite al Dipartimento della Pesca Mediterranea riguardano:
- lo sviluppo della ricerca scientifica e tecnologica applicata alla pesca marittima ed all'acquicoltura nelle acque marine e salmastre;
- la conservazione e lo sfruttamento ottimale delle risorse biologiche del mare;
- lo studio ed il controllo dell'inquinamento del mare ai fini della pesca marittima e dell'acquicoltura; lo studio e l'azione di protezione e preservazione delle acque marine dalle varie forme di inquinamento al fine di non pregiudicare la pesca marittima e l'acquicoltura nelle zone costiere; lo studio degli effetti delle varie forme di inquinamento sulla flora e fauna marina;
- lo sviluppo dell'acquacoltura e della maricoltura;
- la regolazione dello sforzo di pesca in funzione delle reali e accertate capacità produttive del mare;
- la ristrutturazione e l'armamento della flotta peschereccia e dei mezzi di produzione;
- l'incentivazione della cooperazione, dei consorzi di cooperative e delle associazioni dei produttori;
- l'istituzione di zone di riposo biologico e di ripopolamento attivo;
- l'ammodernamento, l'incremento e la realizzazione di strutture a terra;
- la riorganizzazione e lo sviluppo della rete di distribuzione e di conservazione dei prodotti del mare;
- il miglioramento dell'immagine del prodotto siciliano, nonché la sua tutela e marchiatura;
- gli interventi per la valorizzazione e la diffusione del pescato siciliano;
- il recupero e l'utilizzo delle risorse sottoutilizzate e/o scartate;
- il recupero e la salvaguardia della pesca artigianale;
- la concessione di contributi comunitari, nazionali e regionali;
- l'attuazione del FEAMP (Fondo Europeo per gli Affari Marittimi e la Pesca".